Задачи отдела:

1. Организационное обеспечение проведения санитарно-эпидемиологических советов при главном государственном санитарном враче г. Минска, производственных (оперативных) совещаний у главного врача Минского городского ЦГиЭ, его заместителей.
2. Проведение организационно-методической работы по повышению уровня квалификации работников организаций санитарно-эпидемиологической службы г. Минска .
3. Организация и координация разработки плана основных организационных, санитарно-противоэпидемических мероприятий санитарно-эпидемиологической службы г.Минска, контроль его выполнения.
4. Организация развития и обеспечения функционирования системы сбора, накопления и анализа информации, характеризующей уровень состояния среды обитания человека и его здоровья, в том числе в рамках реализации Целей устойчивого развития в области профилактики болезней и формированию здорового образа жизни.

Функции отдела:

1. Формирование проектов приоритетных направлений деятельности санитарно-эпидемиологической службы г. Минска, плана основных организационных, санитарно-противоэпидемических мероприятий санитарно-эпидемиологической службы г. Минска на год, на квартал на основании предложений структурных подразделений Минского городского ЦГиЭ.
2. Подготовка программ, проектов решений санитарно-эпидемиологических советов при главном государственном санитарном враче г. Минска, протоколов (поручений) совещаний, осуществление контроля их выполнений.
3. Подготовка проектов приказов, распоряжений, других локальных нормативных документов для принятия управленческих решений по вопросам компетенции организационного отдела.
4. Участие в организации и проведении оценки деятельности организаций санитарно-эпидемиологической службы г. Минска с оказанием организационно-методической и практической помощи.
5. Координация подготовки сводных планов выборочных проверок организациями, осуществляющими государственный санитарный надзор на территории г. Минска.
6. Внесение информации в интегрированную автоматизированную систему контрольной (надзорной) деятельности в Республике Беларусь.
7. Проведение анализа работы центров гигиены и эпидемиологии районов г. Минска в интегрированной автоматизированной системе контрольной (надзорной) деятельности в Республике Беларусь.
8. Подготовка и представление материалов в Министерство здравоохранение Республики Беларусь для премирования главных врачей центров гигиены и эпидемиологии районов г. Минска, главного врача Минского городского ЦГиЭ.
9. Подведение итогов деятельности центров гигиены и эпидемиологии районов г. Минска в соответствии с действующими моделями, показателями деятельности.
10. Осуществление подготовки и сдачи государственных статистических отчетов и ведомственных форм отчетности по кадровым вопросам в целом по организациям санитарно-эпидемиологической службы г. Минска.
11. Участие в формировании резерва руководящих кадров организаций санитарно-эпидемиологической службы г. Минска.
12. Взаимодействие с базами повышения квалификации работников организаций санитарно-эпидемиологической службы г. Минска (подготовка планов, распределение путевок). 
13. Подготовка документов для представления работников организаций санитарно-эпидемиологической службы г. Минска к поощрению в органах государственной власти и управления.
14. Обеспечение размещения информации на сайте государственного учреждения "Минский городской центр гигиены и эпидемиологии", подготовка предложений по его информационному наполнению;
15. Проведение анализа работы с обращениями граждан и юридических лиц в организациях санитарно-эпидемиологической службы г. Минска с подготовкой материалов для заслушивания на заседании санитарно-эпидемиологического совета при главном государственном санитарном враче г. Минска.
16. Обеспечение развития и функционирования системы сбора, накопления и анализа информации, характеризующей уровень состояния среды обитания человека и его здоровья
17. Подготовка и проведение заседаний аттестационной  комиссии для работников организаций санитарно-эпидемиологической службы г. Минска;
18. Организация своевременного прохождения переподготовки и повышения квалификации работников организаций санитарно-эпидемиологической службы г. Минска;
19. Участие в распределении и организации проведения стажировки выпускников БГМУ, производственной практики студентов БГМУ и учащихся Минского государственного медицинского колледжа.